Non è un confronto Master vs Regolamento, è un problema Regolamento A vs Regolamento B. Che tu trasformi in un problema "Master vs Regolamento" con la tua soluzione, che non approvo.
Qui il problema è che il sistema "3.x tutti i manuali disponibili" non funziona, nel senso che diventa un esercizio di ricerca bibliografica di combinazione di talenti che portano a sinergie particolari con classi di prestigio dimenticate. Onestamente noioso e porta a personaggi noiosi. 3.X è un buon regolamento come ossatura, ma deve essere necessariamente limitato, in molti modi possibili. Altrimenti, come in questi casi, il DM sta giocando ad un regolamento che dice che si possono fare combinazioni assurde di mostri e classi, ma non gli piace questa cosa e quindi punisce i giocatori che lo fanno aggiungendo in corso di gioco punizioni non presenti nel regolamento, e quindi non attese dai giocatori. Il che è un conflitto master vs regolamento, il master che va contro quello che si è deciso insieme.
Decidere di giocare con un sistema limitato in qualche modo (solo i manuali base, solo i primi sei livelli) o proprio modificato completamente, non è un conflitto tra master e regolamento, così come non è un conflitto tra master e regolamento decidere se giocare a D&D o Pathfinder: sono scelte che si fanno prima di giocare. E vanno fatte chiaramente. Se si decide che combinazioni strane sono permesse ma hanno dei malus sociali, lo si decide e lo si chiarisce nel modo più oggettivo possibile. Qualche esempio... per ogni manuale in più usato oltre al base e un altro: a) c'è una possibilità su 6 che in città un nemico (l'inquisizione, un circo, il papa nero) si interessi e provi a punire il personaggio; b) il PG ha un malus alle prove di diplomazia e parte da un livello più basso di relazione con i PNG. Una pessima regola (molto meglio proibire e basta) ma è una regola. Decisa la regola, quella è: tutti la conoscono, ognuno fa le sue scelte e il DM non sta punendo nessuno. Il DM che agisce invece assegnando malus a sua volontà non previsti dal regolamento dopo aver detto al giocatore una frase logicamente equivalente a "a me non piace, fai come ti pare ma la pagherai" risulta sempre in un clima di contrasto che non porta a divertimento. Visto molte volte, quasi sempre a 3.X.
E andiamo all'ultimo punto. Chi decide le regole, lo fa il DM o tutti insieme? Dipende da voi, come vi pare. Chi decide a che sistema giocare? Allo stesso modo, si sceglie come modificarlo se necessario, perché si sta sempre parlando di scegliere le regole: alcune HR trasformano il sistema talmente tanto che diventa difficile capire se è un 3.X modificato, un 5E modificato, o un Pathfinder modificato. Non ci sono scelte migliori. Spesso il sistema viene deciso prima di sapere chi sarà il master. Non può essere un conflitto tra master e regolamento, al massimo è una questione di quanto nel gruppo il giocatore che decide di fare il master abbia potere decisionale sulle scelte collettive. Scelte private vostre, sarebbe come discutere se ha senso che a calcetto chi porta il pallone può decidere le squadre. Fate come volete.
Io in 5E se sono il DM non approvo i multiclasse. Non li approvo nel senso che propongo di evitarli, ma difficilmente è un punto di rottura fondamentale per me: si può decidere di usarli, ma sono contrario e motivo perché. Se il gruppo è favorevole e li si accetta, pace, non rovina il mio gioco. Se invece un punto fosse per me centrale (giocare a 3.x con tutti i manuali con giocatori notoriamente abili a scaricare builds da internet), lo porrei come condizione per masterizzare: giocare così non mi diverte abbastanza da investirci (molto) tempo per masterizzare, magari posso giocare. Relazioni sociali normali.
Altra questione è quando fare la scelta del regolamento. Prima viene fatto e meglio è. Ovviamente ci si può accorgere in corso d'opera che qualche scelta fatta non funzioni, e quindi la scelta viene fatta dopo. Ad esempio io potrei non aver pensato fosse necessario limitare i talenti e i personaggi in 3.x, ma poi di fronte all'obbrobbrio che mi viene presentato da un PG cambio idea. Cosa fare? È una scelta sociale, con conseguenze sociali, ma va fatta. Si decide: ok, non pensavo sarebbe stato un problema, ma onestamente propongo di limitare i manuali disponibili. È scortese farlo dopo, perché il giocatore ha fatto fatica a costruire un PG (o a scaricarlo da internet), ma meglio cambiare il regolamento prima di iniziare la sessione che piegarlo durante il gioco punendo a piacere il giocatore per aver usato correttamente il regolamento deciso tutti insieme ma in modo che non piace al DM.