Io personalmente ho sempre immaginato che le chiese abbiano gerarchie in base all'allineamento Legale - Neutrale - Caotico della divinità venerata.
Gli dei Legali hanno una struttura gerarchica ben definita, di tipo piramidale, con un Gran Sacerdote in cima e i vari ranghi di sacerdoti sotto, con una gerarchia e un controllo molto organizzato. (stile Chiesa Cattolica).
Gli dei Neutrali hanno delle autorità religiose riconosciute dalla fede, autonome l'una dall'altra ma che collaborano occasionalmente, con sacerdoti minori che vengono addestrati in un tempio e poi possono girare liberamente da un tempio all'altro ed eventualmente costruirne uno proprio. (misto di organizzazione Islamica e Buddista, se non erro)
Gli dei Caotici non hanno alcuna gerarchia, chiunque può mettere su un tendone e cominciare a predicare, e se sono veri credenti la divinità concede i poteri. Chi raccoglie abbastanza fondi può costruire il suo tempio in libertà senza dar conto a nessuno. (stile predicatori americani)
I sacerdoti degli dei malvagi, a seconda dell'ambientazione, potrebbero avere sette segrete, organizzate nello stesso modo.
Riguardo le gerarchie, per quelle legali ti consiglio di basarti su quelle cattoliche ma di cambiare nomi a seconda della divinità, ad esempio per Bahamut i nomi potrebbero essere: scaglia, ala, zanna, coda, soffio, etc