Perche' l'allineamento in D&D e' concepito come una cosa bianco-vs-nero. Nei manuali ci sono interpretazioni discordanti da edizione a edizione, ma se consideri che esiste es. un piano del Bene e un piano del Male, ne segue che Bene e Male siano forze cosmiche assolute. Fatta questa premessa, l'unica interpretazione logicamente possibile e' che Male e Bene siano concetti assoluti in D&D, a differenza del "mondo reale" dove, come tu stesso noti, la moralita' e' fatta di sfumature. In altre parole, in D&D, per come e' formulata la cosmologia del gioco, esiste un concetto di Bene con la B maiuscola, che e' una sorta di standard fisso, ed e' sempre quello in tutto il multiverso. Se ti conformi a quello standard fisso noto come Bene, sei Buono - se ti conformi allo standard noto come Male, sei Malvagio.
Si puo' disquisire se il tuo allineamento debba rappresentare le tue azioni o le tue motivazioni, ma il succo e' che l'allineamento di D&D semplicemente non e' concepito per rappresentare questo tipo di situazioni. Una racchetta da ping pong non e' fatta per giocarci a tennis, quindi non ha molto senso cercare di giocare a tennis con una racchetta da ping pong e poi lamentarsi perche' non ti viene bene, giusto? Ecco, in D&D, porsi domande tipo "Eh ma il mio personaggio ha fatto quest'azione malvagia a fin di bene, quindi che allineamento ha?" non ha alcun senso. Come ti hanno gia' consigliato, se vuoi introdurre questo tipo di dilemmi morali, lascia perdere l'allineamento. Fai finta che non esista.