Guardando la situazione da un punto di vista puramente implementativo (cioè, mettendo da parte tutte le considerazioni di altro genere fatte nei precedenti commenti, e con cui concordo), fino a un certo punto hai ragione.
Perché fino a un certo punto? Perché non stai considerando la non linearità del sistema.
La tua assunzione, mi pare, è che si possa assegnare un costo (in "punti personaggio" o simili) a ciascuna capacità presa singolarmente, bilanciare quei costi, e poi, se si vuole, ricreare le classi come semplici "pacchetti" specifici di capacità pre-selezionate.
Ma, se il sistema ha una quantità medio-alta di crunch, la combinazione della capacità di X e di quella Y può risultare molto più forte rispetto a quella tra X e Z, o tra Y e Z.
Bilanciare un insieme di, che so, 500 capacità è estremamente difficile perché, per farlo bene, bisognerebbe ponderare non solo ogni capacità rispetto alle altre (che sono già quasi 125 mila confronti), ma anche ogni coppia di capacità rispetto a ogni altra coppia (e siamo già a quasi 8 miliardi di confronti), e poi ogni tripletta rispetto a ogni tripletta, e così via.
Rispetto a questo, un sistema a classi è enormemente più gestibile: se hai 12 classi con 20 livelli ognuna, devi solo fare il confronto tra di loro (66 confronti) ad ogni livello (1320 confronti in tutto).
In altre parole, nel bilanciare le classi puoi considerare l'insieme delle loro capacità, il modo in cui si combinano e interagiscono organicamente, cosa che non puoi fare (o è molto difficile da fare) in un sistema classless.
Con questo non voglio dire che i sistemi classless non possano esistere: hanno il loro perché, nel loro ambito. Ma la vedo veramente difficile realizzarne uno che possa funzionare come il D&D moderno.