Ho la sensazione che stiamo parlando di due cose diverse, seppur collegate.
Una è un meccanismo del gioco: cosa dovrebbe fruttare PE o livelli, e con quale frequenza o granularità li assegnamo?
L'altra è un comportamento di uno specifico gruppo di giocatori, e una differenza di aspettative su che tipo di gioco giocare tra loro e il master: vogliamo andare in giro ad uccidere e arraffare, o vogliamo parlamentare e discutere? Vogliamo un gruppo con degli obiettivi buoni / eroici / altruisti / positivi, o uno con degli obiettivi cinici / egoisti / negativi / non buoni?
In merito al primo aspetto, anche se non c'è un solo approccio buono, io in passato ne ho usati diversi e ora assegno i PE per le sfide superate. Una sfida è qualcosa che ostacola il raggiungimento di uno degli obiettivi dell'avventura, che comporta un rischio e che mette i PG alla prova. In questo modo si evita qualsiasi "farmare" (vado a fare x così, senza motivo, solo perché x dà punti esperienza) e si permette qualsiasi approccio di superamento degli ostacoli (violenza, astuzia, diplomazia...), mantenendo la granularità data dai PE, che secondo me rispetto alle pietre miliari dà più ai giocatori il senso di "progresso" e di "meritarsi" i livelli.
In merito al secondo aspetto, io tenderei a sconsigliare di approcciarlo attraverso la meccanica dei PE.
Ho letto il tuo esempio su "la maledizione del trono cremisi" e Devargo. Non sono sicuro di aver ben compreso cosa abbiano fatto i PG di male, visto che, se ho capito bene, quello che hanno ucciso è un criminale e si stavano riprendendo le loro cose. Certo, hanno usato metodi molto spicci e violenti, ma in un mondo fantasy (specialmente se un po' dark) ci può stare anche di peggio.
Ovviamente questo incide sulle loro identità in-game: si sono comportati da vigilantes brutali più che da eroi senza macchia. Ma il fatto di giocare dei vigilantes brutali anziché degli eroi senza macchia è una legittima scelta dei giocatori. Se non è una scelta che ti aspettavi o che ti soddisfa ti direi prima di tutto di discutere la cosa off-game con i giocatori, concordando con loro il tono del gioco e il tipo di obiettivi.
Quello che stai dicendo qui è che risolvere le sfide con la diplomazia o l'astuzia è più difficile e porta a delle giocate più stimolanti rispetto a risolverle con la violenza. Menare le mani è facile e dà lo stesso risultato. Per questo vorresti un sistema che incentivi il primo comportamento e disincentivi il secondo.
Probabilmente non sarai d'accordo con me, ma mi permetto un suggerimento: la soluzione non sta in un meccanismo astratto come i PE, sta nel progettare le sfide in modo diverso.
Oltretutto, non è mai bello quando si ha una divergenza tra giocatore e PG, per cui il giocatore tende a far comportare il PG in un certo modo, anche se la cosa più semplice o logica per il PG in-game sarebbe un'altra, per raggiungere uno scopo (i PE) di cui il PG non è consapevole: il GdR funziona molto meglio quando la scelta dal punto di vista del PG e quella dal punto di vista del giocatore coincidono e si basano sugli stessi elementi. C'era un bell'articolo di The Alexandrian al riguardo ma ora non ho tempo di cercarlo.
Quindi, il mio consiglio. Menare le mani è il modo più veloce e diretto per ottenere quello che i PG vogliono, e questo non ti piace? Fai in modo che non lo sia; fai in modo che, nel gioco, menare le mani sia possibile ma tutt'altro che veloce e diretto (a causa delle conseguenze, dei rischi, del consumo di risorse, della pericolosità dei nemici o altro, può variare di volta in volta). Usare la diplomazia e l'astuzia è più difficile? Rendilo più facile. Non sempre, ovviamente, ma presenta ai PG molte occasioni in cui la diplomazia o l'astuzia sono una strada a portata di mano, palesemente più efficace e produttiva rispetto a combattere: così li abituerai ad usarla.