dunque prima di tutto: hai scaricato ed installato SKSE? è uno dei mod principali per far funzionare buona parte degli altri mod. una volta che lo installi, devi far partire il gioco dal launcher di skse, NON da quello standard (ne dall'avvio automatico del mod manager, se non modifichi con quale exe farlo partire). nota che da quel che ricordo non si deve installare come tutti gli altri mod, e tutto quello che fa è metterti un nuovo launcher.
seconda cosa: l'ordine in cui sono installati i mod è molto importante. da quel che ho capito utilizzi il mod manager di nexus. appena apri il programma hai in alto (già aperta automaticamente) la schermata dei plug-in, e subito a fianco quella dei mod. nella schermata "mods" è una semplice lista di tutti i mod che hai, a prescindere che siano attivati o no, o che siano persino installati (in pratica, si tratta di una libreria). da quella schermata, una volta che hai scaricato un mod puoi installarlo (doppioclick, a fianco ti viene una spunta V verde, altrimenti hai una spunta X rossa). quando ce l'hai installato, nella schermata "plugins" viene attivato automaticamente (c'è una spunta a fianco del mod). se desideri disattivarlo temporaneamente per qualche motivo, ti basta togliere la spunta e rimetterla quando desideri riattivarlo senza stare a disinstallarlo.
Come dicevo prima, l'ordine è importante, ma ora che ci penso ci sono due "tipi" di ordine:
Installazione: alcuni mod modificano oggetti (texture, meshes, suoni e così via) di altri mod. in questo caso, l'ultimo che hai installato sovrascrive quelli del vecchio (se gli dici di sovrascrivere) o no. questo è particolarmente semplice da comprendere con le texture: metti che hai installato un mod che ti modifica tutte le texture di tutti gli alberi. poi installi un mod che modifica SOLO la corteccia delle betulle, per dire, e dici di sovrascrivere. in questo caso avrai tutti gli alberi con le texture del primo mod, tranne la corteccia delle betulle che sarà proveniente dal secondo mod (solitamente è difficile che entrino in conflitto le texture, semplicemente le nuove eliminano le vecchie).
Attivazione: l'ordine dell'attivazione dei mod può essere modificata nella prima schermata, plugins: spostando più in alto un mod (trascinandolo col mouse) questi viene attivato prima di uno posizionato in basso. I primi sono quelli BASE, e dubito tu possa neanche spostarli. devono stare sempre per primi:
skyrim.esm
update.esm
dawnguard.esm
dragonborn.esm
hearthfires.esm
poi vengono tutte le altre. personalmente, ti consiglio di scaricarti le patch non ufficiali del gioco, e di posizionarle subito dopo questi. poi tutti i mod di cui hai bisogno (SkyUI io l'ho messo subito sotto un mod che ora come ora non ho IDEA di cosa faccia chiamato SPIKE, subito sotto agli update).
Spero di averti risolto il problema, anche se credo dipenda solo dal primo punto (SKSE), che anche per me è stato un po' un trauma.