Quali problemi hai riscontrato per esempio?
Ti do un consiglio: non scrivere la tua "storia". A meno che tu non intenda "storia" in senso molto lato.
In generale, avere una "storia" o una "trama" è una pessima idea, perché avere una storia implica che ci sia una serie predeterminata di eventi. Tieni presente che 8-9 volte su 10 i tuoi PG faranno qualcosa a cui non avevi pensato, troveranno il modo di aggirare un ostacolo che pensavi insormontabile, oppure riusciranno a ignorare un gancio o un elemento della trama che pensavi avrebbero sicuramente colto. Se fai il DM devi prepararti a improvvisare, perché molto probabilmente ti ritroverai a doverlo fare, a meno che tu non ti metta a fare del pesante railroading - il che generalmente non è visto di buon occhio (anche se con alcuni gruppi può anche funzionare, dipende...)
Quello che ti invito a fare è preparare uno scenario che sia elastico, cioè qualcosa che tu possa riadattare rapidamente sul momento. Se hai qualcosa di simile ad una "trama" in mente, dovrebbe essere molto vaga ed elastica (es. i pg dovrebbero esplorare il tale sotterraneo), ed in tal caso ricordati sempre di avere pronto più di un modo per arrivare ad un certo evento. Per esempio, è generalmente una cattiva idea avere un singolo PNG o oggetto o evento fondamentale sulla cui base si regge tutta l'avventura - perché i tuoi PG, se sono come i miei, manderanno quasi sicuramente a p**tane il piano. Decideranno di evitare o uccidere il PNG fondamentale, vendere o tenere per sé l'oggetto fondamentale, faranno in modo di non essere coinvolti nell'evento fondamentale etc etc. Sempre, sempre, sempre avere più di un "gancio" per l'avventura, e mai avere qualcosa di fondamentale per il suo svolgersi.
Riguardo a centri abitati, png, etc. ti consiglio di non preparare troppo. è molto probabile che la maggior parte dei dettagli da te faticosamente stilati non verranno mai fuori in gioco, mentre magari i tuoi png ti chiederanno roba a cui non avevi pensato. Sono completamente d'accordo con @Nathaniel Joseph Claw, che ti ha dato ottimi consigli: preparati una lista di nomi da usare al volo (io ne ho una nella prima pagina del mio "quaderno da DM e una lista di tratti (es. "balbetta"; "parla a voce bassissima, quasi inudibile"; "impreca frequentemente"; "facile al pianto" etc etc). Quando incontrano un nuovo PNG, peschi dalla lista di nomi e scegli un tratto, e poi da lì improvvisi. Dopo aver caratterizzato un PNG, scrivitelo da qualche parte.
Anche qui mi unisco a @Nathaniel Joseph Claw : non farlo se pensi che oscurerebbe i giocatori. I DM con i propri personaggi devono resistere alla tentazione di rubare la scena ai PG: loro sono i protagonisti.
La mia opinione personale comunque è che il DM può avere uno o più PNG di riferimento o ricorrenti, che aiutino o collaborino con i PG, ma non dovrebbe avere un suo personaggio. Cioè, dovrebbe considerare quel PNG come un qualunque altro PNG, e non come suo personaggio. O fai il DM, o fai il giocatore - non c'è una via di mezzo. Questa comunque è una mia opinione personale, non un consiglio che ti do. Vedi tu se tenerne conto.