Forse farò una domanda molto stupida. Ma quando vengono presentati archetipi e varianti di una classe si devono prendere in toto ogni singola capacità o si possono scambiare le singole capacità?

No, come scritto all'inizio del paragrafo le prendi tutte e non puoi prendere varianti che sostituiscono lo stesso privilegio (nemmeno se a quel punto non ci arriverai mai!)

serve a evitare il multiclassing sfrenato delle classi di prestigio, ottima cosa secondo me

Bhè, le CdP sono altre cose

Però facendo così sicuramente si evitano sbilanciamenti

Per fare un esempio non puoi prendere l'archetipo di Vivisezionista (Alchimista) e prendere l'Attacco Furtivo al posto delle bombe e, allo stesso tempo, prendere Psiconauta e rinunciare alla diminuzione del danno delle bombe (avresti indubbiamente il vantaggio di aver eliminato uno svantaggio del secondo Archetipo)

lo so e lo adoro evita k'insorgere del PP tipico della 3.5

Anche perchè di archetipi se ne può prendere solo uno, non vedo come si possano prendere due archetipi. Però se multiclassi e guadagni un privilegio che avevi perso lo prendi lo stesso.

No, virtualmente puoi prendere anche venti archetipi diversi, fin tanto che non si verifichi che due o più di essi sostituiscano uno stesso privilegio di classe base. In realtà è difficile che se ne possano prendere più di due, perché c'è sempre qualcosa che incastra male (fortunatamente).