È un'ottima domanda, grazie per averla fatta!
Lo spirito non scomparirebbe immediatamente, ma andrebbe progressivamente a scomparire. Se si vuole un paragone con qualcosa che D&D già ha, puoi prendere le divinità (almeno per quello che ho letto in 3.5), le quali quando non vengono più venerate iniziano a morire. In questo caso non si ha la venerazione, ma c'è comunque un parallelismo: ci sono dei vivi che danno importanza a qualcosa (nei confronti della pietra è gratitudine, ma potrebbe essere anche un altro sentimento, anche vera fede).
Rimettere insieme la roccia (o comunque, in generale, ritornare alle condizioni iniziali) può salvare lo spirito dallo scomparire per sempre, ma il luogo o l'elemento naturale deve tornare ad avere la stessa importanza per gli esseri viventi che aveva prima.
EDIT: credo che sia una cosa importante da esplicitare. Creerò quanto prima un paragrafetto "Scomparsa di uno spirito" per spiegare la questione. Grazie!