Partiamo dal presupposto che parliamo di una realtà alternativa governata da regole inventate. Quello che conta è la sospensione dell'incredulità. Pensa che, ad esempio, Hulk nei film Marvel salta in aria, tira cazzotti a bestie che peseranno 1000 volte lui, e nonostante tutto la traiettoria del suo salto rimane inalterata (o varia di poco). A chi sta osservando la scena poco importa delle leggi della fisica violate in quella scena, che comunque sono valide nell'universo di riferimento. L'importante è che la scena sia "credibile" lì per lì.
Chiaramente sono leciti diversi livelli di approccio alla coerenza fisica di un mondo fantastico, e si è sicuramente liberi di inoltrarsi in un'analisi come quella che hai esposto tu. Ma altrettanto chiaramente D&D non ha i presupposti per supportare una visione della magia consistente e coerente con le leggi della fisica. I motivi sono vari, a partire dalla complessità del gioco (libri su libri di incantesimi diversi), passando per pesanti contraddizioni presenti nel regolamento, per finire al fatto che si fa riferimento preferenzialmente alla terminologia di gioco che astrae concetti reali complessi.
L'approccio più corretto è quello che crea meno contraddizioni e snellisce il gioco. La giustificazione si può trovare a posteriori. A livello di fisica, nel momento in cui il bersaglio di levitazione si stacca da terra, dovrebbe continuare il suo movimento per inerzia nella direzione in cui si muoveva la nave. In pratica tenderei a usare la nave come sistema di riferimento inerziale, a patto che la levitazione non porti il soggetto eccessivamente in alto; "scenicamente" più l'oggetto è grosso e pesante più mi sentirei autorizzato a usarlo come sistema di riferimento inerziale.
P.S. Disco fluttuante non può essere direzionato se non attraverso il movimento dell'incantatore. Il disco si muove per riflesso del fatto che è forzato a restare entro 1,5 metri dall'incantatore, per cui ammesso e non concesso che ci si possa levitare sopra assumendolo come sistema di riferimento, non potrebbe comunque muoversi parallelamente al suolo.